Když je aktivován CNC systém, požadované řezy jsou naprogramovány do softwaru a diktovány odpovídajícím nástrojům a strojním zařízením, které provádějí rozměrové úkoly podle specifikace, podobně jako robot.
Při CNC programování bude generátor kódu v numerickém systému často předpokládat, že mechanismy jsou bezchybné, navzdory možnosti chyb, která je větší, kdykoli je CNC stroj nasměrován k řezání ve více než jednom směru současně. Umístění nástroje v numerickém řídicím systému je nastíněno řadou vstupů známých jako part program.
U stroje s číslicovým řízením se programy zadávají pomocí děrných štítků. Naproti tomu programy pro CNC stroje jsou dodávány do počítačů prostřednictvím malých klávesnic. CNC programování je uloženo v paměti počítače. Samotný kód píší a upravují programátoři. Proto CNC systémy nabízejí mnohem rozsáhlejší výpočetní kapacitu. Nejlepší ze všeho je, že CNC systémy nejsou v žádném případě statické, protože novější výzvy lze přidat do již existujících programů prostřednictvím revidovaného kódu.